مورخین گذشته های بسیار دور سرزمینی که در آن بافق بنا شده است را به وجود دریایی کم عمق و بسته متصل کرده اند و وجود آثاری که در برخی از کوههای اطراف بافق مشاهده می شود این حس را بیشتر به یقین تبدیل میکند که از جمله دریا بارهایی که در کوههای باجگان و... دیده می شود از دریا بودن بافق در دوران دور حکایت میکند و جهانگردان و سیاحانی نظیر سون هدین، ستوان استوار، ادوارد استارک، مارکوپولو، کلنل سی ام مک کرگر و لسترنج که به ایران سفر کرده اند نیز در شرح مشاهدات خود از کویر بافق و یا دریا بودن این مناطق در دوران گذشته سخنی به میان آورده اند به هر حال باید گفت که بافق از شهرهای پیشین و تاریخی استان یزد است که به دلیل جایگاه طبیعی و جغرافیایی ارتباطی و استراتژیک خود در طول تاریخ بارها مورد هجوم یاغیان و کشور گشایان قرار گرفته است.
بعضی بافق را از بناهای دوره اسلامی میدانند، چرا که بافق به حروف ابجد 183 میباشد و به همین دلیل تاریخ تأسیس این شهر را با سال 183 هجری قمری ذکر میکنند. بعضی از مورخین نیز بافق را یکی از شهرهای قبل از اسلام می دانند که در روزگار ساسانیان معمور و آباد شد است و از جایگاه ویژه ای برخوردار گردیده است.
در نيمة دوم‌ سدة 6ق‌/12م‌ در دورة حكومت‌ ملك‌ ارسلان‌ سلجوقى‌ بر كرمان‌، ولايت‌ بافق‌ به‌ همراه‌ بهاباد و داور و كوبنان‌ به‌ اتابك‌ يزد سپرده‌ شد. اين‌ شهر در دورة تيموري‌ محل‌ زد و خورد برخى‌ از امرا و شاهزادگان‌ بوده‌، و در دورة صفوي‌ از مهارت‌ و شجاعت‌ تفنگچيان‌ بافق‌ و بهاباد ياد شده‌ است‌. بافق‌ در اين‌ دوره‌ قصبه‌اي‌ بيش‌ نبوده‌، و مستوفى‌ بافقى‌ مورخ‌ سدة 11ق‌ از آن‌ با عنوان‌ «قصبة طيبه‌« و «دارالشجاعه‌« ياد كرده‌ است‌.
منطقه بافق در زمان خلیفه سوم (عثمان) توسط مسلمانان فتح شد و در نیمه دوم سده سوم هـ.ق یعقوب لیث بر این منطقه دست یافت و در دوره دیلمیان فخرالدوله دیلمی نیز برای مدتی بر این ناحیه حکومت می‌کرد.
از 536 تا 718 هـ.ق اتابکان یزد بر این ناحیه حکمرانی می‌کردند و نماینده‌ای به بافق می فرستادند در روزگار آل مظفر، حاکمان دوره تیموری و صفویان بافق رونق خاصی گرفت در حمله افغان ها به ایران به مردم منطقه یزد بخصوص بافق خسارات وارد شد و این شهر در قلمرو محمود و اشرف افغان بود در دوره نادر شاه افشار و جانشینانش نیز بافق در دست حکام بود و عاقبت محمد تقی خان بافقی و بازماندگانش نیز بر این ناحیه حکمرانی داشتند. این نکته نیز لازم به ذکر است که بافق از دوره صفویه به دلیل مردمان و صاحب منصبان شجاع و دلیر به دارالشجاعه مشهور شد و این لقب در چند مورد ازکتب مورخین از جمله جامع المفیدی ذکر شده است بافق به قصبه طیبه نیز مشهر بوده است.
بافق‌ در گذشته‌ از توابع‌ كرمان‌ به‌ شمار مى‌رفت‌، اما از حدود سال‌ 1188ق‌ به‌ ولايت‌ يزد پيوست‌. در تقسيمات‌ كشوري‌ 1332ش‌ بافق‌ يكى‌ از بخشهاي‌ شهرستان‌ يزد در استان‌ اصفهان‌ بود؛ اما پس‌ از تشكيل‌ استان‌ يزد و اهميت‌ يافتن‌ منطقه‌ به‌ واسطة كشف‌ و استخراج‌ معادن‌ كه‌ موجب‌ افزايش‌ جمعيت‌ آن‌ نيز گرديد، به‌ صورت‌ شهرستان‌ درآمد